Przez teren gminy przepływają trzy rzeki. Największą z nich jest oczywiście Odra. Stanowi ona północno-wschodnią, naturalną granicę gminy. Długość odcinka Odry przepływający przez Gminę Siechnice wynosi 14,5 km. Gmina w całości należy do dorzecza tej rzeki. 
Pozostałe dwie rzeki gminy to: Oława (długość w granicach gminy – 12 km) i Szalona, zwana też Zieloną (długość w granicach gminy – 1o,8 km).
Od XIX w. rzeka Oława wraz z Odrą stanowią źródło wody pitnej dla miasta Wrocławia. W związku z tym, zagospodarowano teren ponad 1000 hektarów, leżących obecnie w dużej części na terenie gminy Siechnice. Wybudowano tu gęstą, kilkudziesięciokilometrową sieć rowów, kanałów oraz stawy infiltracyjne wraz z pompowniami wody. Pompownia Czechnica (leżąca w obrębie geodezyjnym Radwanice) pompuje wodę z rzeki Oławy na tereny wodonośne. Tam za pomocą studni i rurociągów dostarczana jest ona do trzech pompowni: Radwanice, Świątniki i Bierzany. 
Woda z ich pomocą trafia do Mokrego Dworu (miejscowości położonej w północnej części naszej gminy), gdzie znajduje się Zakład Uzdatniania Wody "Mokry Dwór". Woda z tego zakładu zaopatruje: południowo-wschodnie, południowe i północno-zachodnie osiedla Wrocławia. Zakład ten działa od 1982 roku.
Odra od wieków była ważnym szlakiem wodnym, jednak na przestrzeni ostatniego tysiąclecia jej znacznie spadło.
Rzeka Odra i Oława to nie tylko przyroda i turystyka. Znajduje się tu wiele interesujących 
urządzeń hydrotechnicznych. Zarządza nimi Państwowe Gospodarstwo Wodne Wody Polskie Regionalny Zarząd Gospodarki Wodnej we Wrocławiu. Pełnią one ważną rolę w gospodarce wodnej regionu, ze szczególnym uwzględnieniem sytuacji kryzysowych takich jak powodzie. Najciekawszą budowlą hydrotechniczną na terenie gminy, stanowiącą część odrzańskiej drogi wodnej, jest śluza Ratowice. Duże obiekty hydrotechniczne znajdują się też w okolicach Kotowice, Siechnic i Blizanowic.
